Бегущая от Темного лорда чета Поттеров с маленьким сыном на руках скрывается в магловском мире. Они, воспользовавшись волшебством, устраиваются в экспедицию ООН в Антарктиду. Волдеморт узнает об этом благодаря предательству Питера Петтигрю и преследует Избранного. Там, рядом с Адамом он убивает Джеймса и Лили Поттеров, однако применение темной магии будит Ангела и происходит Второй удар. Малыш Гарри Поттер выжил - его, вместе с Мисато Кацураги, успевают эвакуировать с базы в спасательной капсуле. Остальные погибают, включая Темного лорда, развязавшего эту катастрофу.
Тем временем события развиваются своим чередом. Расшифровка свитков Мертвого моря продолжается, создается НЕРВ. Изучая данные о выживших во Втором ударе детях, ученые обнаруживают, что Гарри Поттер совместим с Евангелионом. Это становится одной из причин, по которой его помещают к Дурслям и стимулируют их ненависть к племяннику - планы Гендо Икари как всегда безжалостны ко всем. Тем временем фанатичные Пожиратели во главе с Барти-младшим проникают в ряды ЗИЕЛЕ, обнаруживая, что эта организация станет прекрасным подарком для Волдеморта к моменту его возрождения…