Gymnazyst написал(а):1. Куда они летят уже тысячу лет?
Куда глаза глядят и как можно по дальше от скоплений гаун - чёткого курса у "Сидонии", ковчег по всей вероятности уходил от Солнца и близлежащих звёзд спасаясь от гаун, навалившихся на солнечную систему.
http://sidonia-no-kishi.wikia.com/wiki/Solar_System
перевод:
Солнечная система осталваась такой же, как она была в наше время, вплоть до 2170 года, когда Корабль-улей гаун был обнаружен на окраине Солнечной системы. Хрупкий мир поддерживался в течение 200 лет, пока в 2371 году Улей не приблизился к Земле и не высадил не её поверхность 46 гаун.
Земля
Земля была расколота на две части, вся жизнь на планете была уничтожена. Всё живое в океане, человечество, и все другие формы жизни были поглощены нгаунами. Люди отчаянно сопротивлялись, но оказались не в состоянии разрушить Истинные тела гаун. Спустя время, гауна расколола на две половину саму планету. После раскола планеты Сидония запустила двигатели и покинула Солнечную Систему.
Уцелели ли другие планеты и остался ли кто-то из людей живыми в Солнечной системе, неизвестно.
Gymnazyst написал(а):2. Где они потеряли остальные "ковчеги"?
По канону остальные ковчеги были разгромлены в Солнечной системе гаунами.
http://sidonia-no-kishi.wikia.com/wiki/Aposimz
Известно что в 1 час 6 минут 6 ноября 2513-го действовал ещё один корабль-ковчег - Aposimz (アポシムズAposhimuzu) - последнее сообщение от которого было получено Сидонией 26 февраля 2691-го.
перевод:
является единственным другим известным по названию Кораблём-ковчегом, упоминавшемся в Рыцарях Сидонии . Покинувший Солнечную систему одновременно с Сидониией, он двигался парралельным с Сиддонией курсом, пока расстояние стало недоступным для связи. Последнее сообщение от Апосимза было получено тогда, когда корабли разделяло 170 световых лет.
Неизвестно, носителями какого типа культуры были пассажиры Апосимза и насколько их технологии отличались от сидонийских, равно как и неизвестна дальнейшая судьба корабля-ковчега и населения.
От себя - судя по отличию архитектуры Апосимза (вытянутая пирамида) от Сидонии (правильная прямоугольная призма), технологии различались и значительно.
Gymnazyst написал(а):3. Где они берут ресурсы для производства: металлы, изотопы, полимеры?
Сидония "продета" сквозь астероид (из которого она была сделана) который и используется в качестве источника ресурсов.
Кроме того, сидонийцы активно потрошат все встречающиеся по пути астероиды и планетоиды - первый бой Таникадзе как раз произошёл во время потрошения ледяного планетоида двумя звеньями курсантов.
Gymnazyst написал(а):4. Зачем именно такая форма боевых машин? Почему нельзя было взять и создать нечто более "классическое", а не гуманоидную железяку?
Изначально "Фреймы" были шагоходами а-ля имперские АТ-ST предназначенными для разведки и добычи ресурсов.
http://sidonia-no-kishi.wikia.com/wiki/Type_5 
Но любовь японцев к ОБЧР необходимость сражаться с таким быстрым и вёртким противником как гауны, и любовь японских мангак/анимешников к драке холодняком необходимость дырявить Истинные тела гаун в рукопашной вынудила отказаться от простых схем и перейти к системе антропоморфных роботов-шагоходов, дававшей пилотам больше подвижности и маневренности в ближнем бою.
