Но в историю они вошли всё-же как тяжёлые .

Что, ПМСМ, правильно,хоть какая-то логика. А то по первоначальной классификации "Киров", например, лёгкий крейсер (с 180 мм пухами, ага), а "Фурутака" вообще "скаут" (нихрена себе скаут, с 200 мм пушками).

Вообще-то вроде как именно. Потому "Пенсакола" и считалась легким (как и "Фурутака"). Там броней пожертвовали ради скорости и калибра.

Если я правильно помню (но тут побожиться не могу), то это уже после того как "тяжесть" стали считать по калибру а не по броне.

Абсолютно не собираюсь навязывать кому-либо своё видение, особенно автору. Да и мангу я не смотрел, а значит и о истории появления на Земле флота Тумана ничего не знаю. Так что предлагаю отвты-гипотезы, возможно, не полностью несочитаемые с оригинальным сюжетом.
1. Не все корабли флота Тумана разумны в человеческом понимании этого слова. Первыми пленными кораблями были отнюдь не самые мощные и ушлые. А глобальные выводы строились людьми именно на изучении тех самых первых "пленных". В войне с людьми первыми были выбиты наименее разумные особи. Есть ли зависимость между боевой мощью корабля и степенью его "разумности" - на усмотрение автора. Мне кажется, что развиться в полноценный разум больше шансов было у флагманских кораблей и кораблей с наибольшим боевым опытом. Поэтому легкий подводный крейсер может быть гораздо "умнее" тяжелого крейсера. Прямой зависимости разума от боевой мощи нет, хотя тяжелые корабли чаще выполняли флагманские функции, а значит имели "бонус" в развитии.
2. По поводу кажущейся нелогичности людей. Как следует из написанного мною выше, корабли Тумана были тщательнейшим образом изучены. И было достоверно установлено, что псевдоинтеллект кораблей Тумана всего лишь необычайно ловко имитирует разум, разумом не являясь. Отсюда и неприязненное отношение к корабельным искинам. Жалкая подделка, лишь ловко прикидывающаяся разумной. Так ловко, что подделку можно установить лишь в лабораторных условиях, банальный тест Тьюринга корабль пройдет. И слова отдельных капитанов, что их корабль разумен, вызовут лишь шуточки и подначки, а при упорстве заблуждающихся - отторжение и кручение пальцем у виска. Да и кто из людей всерьез решится признаться в глупых подозрениях? Ведь псевдоинтеллект действительно очень достоверно имитирует разум.
3. По поводу отношения капитана к Конго. А он пока и не считает её разумной. Просто он в общении с ней испытывает психологический дискомфорт. И принял решение для уменьшения этого дискомфорта относиться к ней как к разумному существу, чем наверняка сознательно нарушил рекомендации специалистов. Кажущаяся жестокость людей к плененным туманникам тоже может быть кажущейся. Просто таковы рекомендации психологов, призванные не допустить восприятия туманников как разумных существ, как ровню. Иначе психологически тяжелее. Это как объекта охраны или охоты называют "объектом", а не Антоном Юрьевичем или там девочкой Дашей. "Объекту" можно и череп размозжить, и на смерть послать в случае нужды.