Вообще-то оспаривать слова ПЕРСОНАЖА, сказанные им другому ПЕРСОНАЖУ - это такой особенный вид спорта на специальной олимпиаде.

Рокин запросто мог СОВРАТЬ нянечке, чтобы та лучше относилась к Макие. Ах да! Комиссар же у нас неживой, у него рука стальная. Ни ошибиться ни лукавить ни интриговать, и все сказанное ГЕРОЕМ (не автором!) - твердокаменная истина.

Вы ссылаетесь на внутреннюю логику текста - отлично. Но надо же и просто логику включать хоть иногда.

Теперь допустим, что слова эти говорит не Виктор Рокин (усталый задроченный управлением женским коллективом гайдзин) - а говорит автор. Что поменяется в раскладе?

Вы таки удивитесь, но не поменяется ровным счетом нихера.

Начнем с того, что в Японии того времени (и по канону, и по тексту) - три (прописью три) официальных правительства. Северного, Центрального и Южного регионов. И когда на особняк Макие напали ЗлыеВраги (тм), то владельцы ценного ресурса вполне могли решить: за Макие пришли конкуренты с Хоккайдо или с Окинавы. И убить ее уже по этому поводу.

Закончим тем, что в великой сталинской науке были истории, чтобы далеко не ходить, Вавилова и Лысенко, Королева и Лангемака - неужели великому Сталину были не нужны Королев и Лангемак? А гений всех времен и народов Бекаури с цельным Остехбюро? А телетанки? А "цирк Гроховского"? Нужны? А чего ж он тогда всех сажал-стрелял?

Во1х, сведения об успешности проекта у правительства имеются только из уст тех самых ученых, а они могли утопить Макие тупо чтобы ослабить конкурирующую лабораторию. История первого германского парохода, уничтоженного по тем же резонам лодочниками Везера - как и все луддистское движение, как и судьба доктора Земмельвеса, нам не то, чтобы намекают, а прямо криком кричатЪ

Во2х, правительство, взвесив риски, могло грохнуть этого вундеркиндера просто из чувства самосохранения. Мало ли, что ей завтра в голову придет.

В3х, вот поэтому Темный и не появляется на НЕРВе. Вот он попробовал высунуть жало после 3х месяцев молчания - и нормально его тут встретили.

Достаточно полистать учебник истории. Не так уж давно события были. Рабочие ломали станки. Чем они (станки) рабочим мешали?

Кому "всем"?
Учёным, которые за ней только карандаши затачивают? Насколько счастлив будет коллектив маститых профессоров, если половину коллектива переведут на ставку лаборанта, а половину просто выкинут на улицу?
Правительству? А чиновники правительства вообще в курсе, какой именно вклад в разработку сделала Макие? Они что, прям поголовно спецы в квантовой физике? Или всё же ориентируются на доклады учёных (которым страсть как не хочется работу терять)?

Честно говоря, в упор не понял этой вашей претензии.
В тексте прямым текстом есть пояснение, что Макие хотели убить не абстрактные недоброжелатели, а вполне конкретные власти. И не за то, что она "живой компьютер", а чтобы "врагу не досталась".

Офтоп ВКЛ

Вообще-то Бекаури и Ко к стенке поставили абсолютно правильно, ибо "удовлетворение своего любопытства за государственный счёт" было что у него, что у Курчевского, что у Лангемака поставлено на поток. Ребята откровенно занимались техническим онанизмом вместо разработки техники в соответсвии с ТЗ, разбазаривали и так невеликие ресурсы СССР, превращали любую тему в "перпетум мобиле" (вечная разработка без сдачи на вооружение/либо вечные доработки "условно боеспособного" куска говна) и тратили деньги хрен пойми на что. Возможно, если бы инженерные кадры, задействованные в откровенно бредовых проектах этой компашки, были направлены в богомерзкое общепринятое русло (например в радиосвязь и радиолокацию, как у англичан и амеров) то проблем у РККА было бы меньше.

Офтоп ВЫКЛ.

То есть в этой фразы, прямо в этом абзаце...

...недостаточно, чтобы понять, что приказ на убийство отдали не гадкие учёные, а правительство, и не просто так, а чтобы врагу секреты не достались?