В старорежимные времена были положены, (читывал где-то в комментариях к повести "Белеет парус одинокий" - имели рыжий цвет, поговаривают, что специально для отличия флотской принадлежности оных), и были заменены ботинками уже в глубоко военно-революционные -надцатые от скудости материальной базы.
Форма одежды матроса речного флота образца 1879 года. Чёрные брюки и сапоги предназначались для палубных работ. (Автор рисунка Гусенков К.А.)
Более позднее время:
В военное время, как выяснилось, тоже бытовало:
Отредактировано Нумминорих Кута (Вчера 22:12:11)
О, синьор, вы вдребезги разбили моё представление о мире!
(Утирает скупую слезу). 
Славный флот, гордые мореманы, овеянные романтикой солёных ветров, порохового дыма, и амурных побед, чьи носы временами светят ярче маяка...
Капитаны, суровые морские волки, чей отеческий взгляд рентгеном пронизывает не менее четырёх дюймов броневой палубы. Великие адмиралы с профилем, требующим немедленного отлития в бронзе - их начальственный глас поднимает по стойке "смирно" вусмерть бухих подчиненных и ставит якорные мины на боевой взвод.
Бравые лейтенанты, гроза женского населения в радиусе не менее двух десятков миль от места стоянки, способные после второй бутылки к навигации без карт, секстана и лоций - только по звёздам и запаху ветра - их безбашенность соперничает с их молодостью.
Могучие боцманы, умудрённые десятилетиями службы, способные, как говорят, молодецким ударом расколоть корпус корабля - от их морскогого загиба скручиваются реи и перегорают локаторы.
И матросы, по приказу начальства способные принести то, не знаю что, окрутить всех дочек морского царя и пустить Великого Кракена на закуску под пиво. Шлюпочная команда (при наличиив в шлюпке бочонка спирта) по мощности превзойдёт любой портовый буксир.
Гордая тельняшка, ленточки, весело играющие с порывами шторма, благородные офицерские кортики и клеша шириной с Чёрное море.
А тут... Словно какие-то пехотные армеуты... Моё чувство прекрасного умерло... 
Нет! Не могу. Пойду приму триста капель эфирной валерьянки! (С). 
А если серьёзно - спасибо, буду знать. В войну же, мне думается, просто использовали, что было на складах. Морскую форму могли сберегать для торжественных случаев.
